1938年冬，傅作義參加了國民政府軍事委員會在陜西武功召開的軍事會議，他接受了第八戰(zhàn)區(qū)副司令長官的任命，指定在綏西河套地區(qū)設立副司令長官部。從此，他脫離了閻錫山的晉軍體系。
1938年2月，傅作義在五原設立了第八戰(zhàn)區(qū)副司令長官部。4月，毛澤東主席派南漢宸、肖克、曾三、續(xù)范亭去五原，與傅作義多次密談合作抗日事宜。5月，傅作義親自主持在百川堡舉辦的“抗日建國討論會”。先后舉辦了五期，歷時三個月余，統(tǒng)一了思想認識，堅定了抗日必勝信心，確立了軍政民一體的領導體制，實行了全民總動員，對以后傅部及所轄區(qū)域的抗日工作發(fā)揮了重要作用。
可是，“抗建會”卻引起國民黨中央的非議，派中央委員姚大海脅迫排除傅部內(nèi)的共產(chǎn)黨員。陳誠也秉承蔣介石的旨意，致電傅作義：說三十五軍前政治部組織科長系共產(chǎn)黨員，現(xiàn)任組織科長也系共產(chǎn)黨員，望你們調(diào)動他們的工作，監(jiān)視他們的行動……閻又文看到此電后，將此電給時任組織科長的魯志浩同志看了。在此緊急形勢下，傅作義只得將各軍政機關中共黨員安全禮送回延安。潘紀文同志撤退前沒有來的及妥善安排，與閻又文失去了組織聯(lián)系。但是，閻又文同志牢記我黨對隱蔽戰(zhàn)線工作提出的“隱蔽精干，長期埋伏，積蓄力量，以待時機”的十六字方針，依然按照一個共產(chǎn)黨員應該發(fā)揮的作用，進行活動，真正做到了“白皮紅心”！
在長達八年的抗日戰(zhàn)爭中，閻又文沒有進行黨派活動，一直是忠心耿耿，全心全意為傅作義出謀劃策，使傅部打勝每一仗。所以說，在傅部與日軍打的290多次戰(zhàn)斗中，“七•七”事變后的每一仗，都浸透著閻又文的汗水、智慧和心血。在著名的收復五原戰(zhàn)斗中，閻又文身先士卒，英勇作戰(zhàn)，負了重傷，身上一直留有日軍的彈片。閻又文的忠心與勤奮，也得到了傅的承認和回報，從機要秘書提拔為政治部副主任，傅部機關報《奮斗日報》社社長，可是隨身秘書的工作和角色依然沒有絲毫改變。
代傅起草致毛檄文
1945年6月，蔣介石下令，升任傅作義為第12戰(zhàn)區(qū)司令長官。8月11日，傅正式就職，并且成立了“國民黨第12戰(zhàn)區(qū)復員委員會”。8月15日，日本宣布向盟軍投降。傅作義自恃是12戰(zhàn)區(qū)司令，綏遠省主席，是正統(tǒng)的受降者，他秉承蔣介石的旨意，在陜壩下令所屬各部，向綏東挺進，準備以武力掃平東進道路，到綏遠、察哈爾、熱河去受降。
可是，中共領導的綏蒙軍區(qū)軍隊，抗戰(zhàn)期間長期在大青山和日、偽軍作戰(zhàn)的李井泉支隊，已經(jīng)根據(jù)朱德總司令的受降命令，就近命令歸綏、包頭的日軍投降，并已解放了平綏線上的集寧、豐鎮(zhèn)、武川、和林、固陽、托縣等城和畢齊克、察素齊等重鎮(zhèn)。傅部卻配合偽蒙疆部隊，搶占包頭、歸綏，還攻陷了我軍已經(jīng)解放了的綏遠其他城鎮(zhèn)，這就導致了傅部與我軍的直接沖突。就在此時，中央派人與閻又文同志接上了關系。
作為中共黨員的閻又文，看到傅作義部隊從中共領導的人民軍隊手中奪取勝利果實的行動，對傅作過多次勸說，讓傅慎重從事，注意后果，不要把部隊帶到絕路上。頭腦發(fā)熱的傅作義，那能聽進去別人的勸告。閻又文只能通過地下交通，把傅部的一些行動計劃報告給黨。10月中旬，傅作義向閻又文交辦了一件事：寫一個致毛澤東的公開電，指責共產(chǎn)黨放了打內(nèi)戰(zhàn)的第一槍！戰(zhàn)爭的煙云又把閻又文推到了內(nèi)戰(zhàn)的風口浪尖。
寫個電報，本來手到即成，可是這個電報，把閻又文愁壞了。寫吧，這明明是在編瞎話，騙人民！不寫吧，這是自己份內(nèi)之事，根本無法拒絕。思來想去，只有請示組織了。
周恩來指示：“公開電要罵得狠些，要能夠激起解放區(qū)軍民義憤，要能夠導致傅作義狂妄自大！”
10月26日，重慶版的《中央日報》，公布了這個公開電，特大字的標題為：傅作義電毛澤東
披肝瀝膽指陳共軍相迫太甚
切望慎處勿負挑動內(nèi)戰(zhàn)惡名
傅作義企圖把挑起內(nèi)戰(zhàn)的責任推給共產(chǎn)黨，借此爭取主動。此電刊于《中央日報》后，國民黨各地區(qū)報紙，進行了轉載，雖然一時迷惑了一些不明真相的人，可是不能盡掩天下人的耳目。在傅身邊工作了多年的參謀和政工人員，他們也持有相反的看法。
